MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia psittaci CP3 plasmid pcpCP3

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018634	A	8	8	100	107	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_018634	AAATAG	2	12	141	152	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_018634	AT	3	6	190	195	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018634	A	7	7	212	218	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_018634	AAAC	2	8	271	278	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
6	NC_018634	A	6	6	308	313	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018634	TATTT	2	10	318	327	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_018634	CAA	2	6	354	359	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_018634	CAA	2	6	378	383	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_018634	TTG	2	6	395	400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
11	NC_018634	A	8	8	407	414	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018634	TTAAA	2	10	415	424	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_018634	CAA	2	6	543	548	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598884
14	NC_018634	CAG	2	6	577	582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598884
15	NC_018634	CCA	2	6	643	648	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598884
16	NC_018634	AAG	2	6	754	759	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598884
17	NC_018634	AAT	2	6	770	775	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598884
18	NC_018634	A	6	6	829	834	100 %	0 %	0 %	0 %	406598884
19	NC_018634	TTTA	2	8	848	855	25 %	75 %	0 %	0 %	406598884
20	NC_018634	CTG	2	6	946	951	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598884
21	NC_018634	CAT	2	6	953	958	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598884
22	NC_018634	TCA	2	6	1041	1046	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598884
23	NC_018634	TGTT	2	8	1058	1065	0 %	75 %	25 %	0 %	406598884
24	NC_018634	ACA	2	6	1084	1089	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598884
25	NC_018634	TC	3	6	1111	1116	0 %	50 %	0 %	50 %	406598884
26	NC_018634	TGG	2	6	1124	1129	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598884
27	NC_018634	GTG	2	6	1138	1143	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598884
28	NC_018634	AT	3	6	1204	1209	50 %	50 %	0 %	0 %	406598884
29	NC_018634	ACA	2	6	1226	1231	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598884
30	NC_018634	TAA	2	6	1242	1247	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598884
31	NC_018634	TTAA	2	8	1260	1267	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_018634	AT	3	6	1268	1273	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_018634	T	7	7	1286	1292	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_018634	A	6	6	1306	1311	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_018634	GA	3	6	1330	1335	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
36	NC_018634	ATGA	2	8	1338	1345	50 %	25 %	25 %	0 %	406598885
37	NC_018634	A	6	6	1438	1443	100 %	0 %	0 %	0 %	406598885
38	NC_018634	T	6	6	1448	1453	0 %	100 %	0 %	0 %	406598885
39	NC_018634	ACTT	2	8	1501	1508	25 %	50 %	0 %	25 %	406598885
40	NC_018634	ATA	2	6	1570	1575	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598885
41	NC_018634	A	7	7	1586	1592	100 %	0 %	0 %	0 %	406598885
42	NC_018634	GGT	2	6	1707	1712	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598886
43	NC_018634	AAC	2	6	1721	1726	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598886
44	NC_018634	GTA	2	6	1744	1749	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
45	NC_018634	A	7	7	1769	1775	100 %	0 %	0 %	0 %	406598886
46	NC_018634	GAT	2	6	1839	1844	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
47	NC_018634	AGA	2	6	1884	1889	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598886
48	NC_018634	CATA	2	8	1892	1899	50 %	25 %	0 %	25 %	406598886
49	NC_018634	AGA	2	6	1946	1951	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598886
50	NC_018634	ATG	2	6	2029	2034	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
51	NC_018634	CCT	2	6	2052	2057	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598886
52	NC_018634	AAG	2	6	2077	2082	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598886
53	NC_018634	TG	3	6	2108	2113	0 %	50 %	50 %	0 %	406598886
54	NC_018634	CAA	2	6	2170	2175	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598886
55	NC_018634	T	6	6	2206	2211	0 %	100 %	0 %	0 %	406598886
56	NC_018634	GAAA	2	8	2223	2230	75 %	0 %	25 %	0 %	406598886
57	NC_018634	CAA	2	6	2233	2238	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598886
58	NC_018634	CAG	2	6	2318	2323	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598886
59	NC_018634	TTA	2	6	2328	2333	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598886
60	NC_018634	ATC	2	6	2339	2344	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598886
61	NC_018634	TAA	2	6	2347	2352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598886
62	NC_018634	AGC	2	6	2372	2377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598886
63	NC_018634	TGA	2	6	2426	2431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598886
64	NC_018634	AAG	2	6	2469	2474	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598887
65	NC_018634	T	7	7	2482	2488	0 %	100 %	0 %	0 %	406598887
66	NC_018634	TAG	2	6	2595	2600	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598887
67	NC_018634	GAA	2	6	2624	2629	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598887
68	NC_018634	TACT	2	8	2658	2665	25 %	50 %	0 %	25 %	406598887
69	NC_018634	ACA	2	6	2689	2694	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598887
70	NC_018634	GA	3	6	2709	2714	50 %	0 %	50 %	0 %	406598887
71	NC_018634	A	6	6	2740	2745	100 %	0 %	0 %	0 %	406598887
72	NC_018634	ACA	2	6	2762	2767	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598887
73	NC_018634	CCT	2	6	3011	3016	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	406598887
74	NC_018634	TCT	2	6	3023	3028	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598887
75	NC_018634	CAGA	2	8	3029	3036	50 %	0 %	25 %	25 %	406598887
76	NC_018634	GT	3	6	3040	3045	0 %	50 %	50 %	0 %	406598887
77	NC_018634	TCT	2	6	3107	3112	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598887
78	NC_018634	CAG	2	6	3201	3206	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_018634	GAA	2	6	3260	3265	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018634	GGT	2	6	3277	3282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018634	GGT	2	6	3299	3304	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_018634	GGT	2	6	3321	3326	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
83	NC_018634	GGT	2	6	3343	3348	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_018634	A	7	7	3362	3368	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_018634	CAC	3	9	3430	3438	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598888
86	NC_018634	ATT	2	6	3447	3452	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598888
87	NC_018634	AGC	2	6	3468	3473	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598888
88	NC_018634	AGAA	2	8	3508	3515	75 %	0 %	25 %	0 %	406598888
89	NC_018634	TAG	2	6	3539	3544	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598888
90	NC_018634	AT	3	6	3551	3556	50 %	50 %	0 %	0 %	406598888
91	NC_018634	TGT	2	6	3589	3594	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598888
92	NC_018634	AGC	2	6	3681	3686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598888
93	NC_018634	TA	3	6	3691	3696	50 %	50 %	0 %	0 %	406598888
94	NC_018634	TTA	2	6	3734	3739	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598888
95	NC_018634	AG	3	6	3823	3828	50 %	0 %	50 %	0 %	406598888
96	NC_018634	GTT	2	6	3831	3836	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598888
97	NC_018634	T	6	6	3838	3843	0 %	100 %	0 %	0 %	406598888
98	NC_018634	A	6	6	3981	3986	100 %	0 %	0 %	0 %	406598888
99	NC_018634	AG	3	6	4066	4071	50 %	0 %	50 %	0 %	406598888
100	NC_018634	ACA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598888
101	NC_018634	CAAT	2	8	4109	4116	50 %	25 %	0 %	25 %	406598888
102	NC_018634	TAT	3	9	4123	4131	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598888
103	NC_018634	A	8	8	4212	4219	100 %	0 %	0 %	0 %	406598888
104	NC_018634	TCT	2	6	4261	4266	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598888
105	NC_018634	TA	3	6	4351	4356	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_018634	GAT	2	6	4363	4368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NC_018634	T	6	6	4386	4391	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_018634	ATT	2	6	4400	4405	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_018634	T	7	7	4437	4443	0 %	100 %	0 %	0 %	406598889
110	NC_018634	TAG	2	6	4460	4465	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598889
111	NC_018634	T	7	7	4541	4547	0 %	100 %	0 %	0 %	406598889
112	NC_018634	TG	3	6	4601	4606	0 %	50 %	50 %	0 %	406598889
113	NC_018634	TTTC	2	8	4690	4697	0 %	75 %	0 %	25 %	406598889
114	NC_018634	TAA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598889
115	NC_018634	TTG	2	6	4748	4753	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
116	NC_018634	AC	3	6	4760	4765	50 %	0 %	0 %	50 %	406598889
117	NC_018634	TGT	2	6	4821	4826	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
118	NC_018634	GAA	2	6	4862	4867	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598889
119	NC_018634	ATA	2	6	4922	4927	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598889
120	NC_018634	TGA	2	6	4999	5004	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598889
121	NC_018634	ATT	2	6	5023	5028	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598889
122	NC_018634	TTAG	2	8	5053	5060	25 %	50 %	25 %	0 %	406598889
123	NC_018634	AT	3	6	5063	5068	50 %	50 %	0 %	0 %	406598889
124	NC_018634	TGC	2	6	5073	5078	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598889
125	NC_018634	AC	3	6	5106	5111	50 %	0 %	0 %	50 %	406598889
126	NC_018634	TGT	2	6	5150	5155	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
127	NC_018634	TTCT	2	8	5207	5214	0 %	75 %	0 %	25 %	406598889
128	NC_018634	AGA	2	6	5262	5267	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598889
129	NC_018634	AGAA	2	8	5337	5344	75 %	0 %	25 %	0 %	406598889
130	NC_018634	GTT	2	6	5361	5366	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598889
131	NC_018634	CA	4	8	5427	5434	50 %	0 %	0 %	50 %	406598889
132	NC_018634	ATT	2	6	5466	5471	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_018634	GAA	3	9	5548	5556	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598890
134	NC_018634	T	6	6	5578	5583	0 %	100 %	0 %	0 %	406598890
135	NC_018634	ATT	2	6	5603	5608	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598890
136	NC_018634	TGT	3	9	5622	5630	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598890
137	NC_018634	CAC	2	6	5647	5652	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598890
138	NC_018634	AT	3	6	5675	5680	50 %	50 %	0 %	0 %	406598890
139	NC_018634	AT	3	6	5696	5701	50 %	50 %	0 %	0 %	406598890
140	NC_018634	CAATAT	2	12	5717	5728	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	406598890
141	NC_018634	AGA	2	6	5752	5757	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598890
142	NC_018634	ATC	2	6	5831	5836	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598890
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168	NC_018634	TCA	2	6	7498	7503	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
169	NC_018634	TAG	2	6	7522	7527	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.